Působení šalvěje je velmi široké: snižuje pocení (zejména je-li nervového původu, jako např. při nočním pocení v klimaktériu nebo v pubertě), působí protizánětlivě, baktericidně, mírně močopudně, svíravě, má protihlístové účinky, snižuje sekreci žláz včetně sekrece mateřského mléka. Uplatňuje se v gynekologii a to zejména při potížích v počátku menstruace či v přechodu, antibiotických účinků se využívá při léčbě zánětů močových cest, bolestí v krku, při angíně, při gynekologických zánětech nebo zánětech zažívacího ústrojí. Zevně ji lze použít na špatně se hojící rány nebo jako kloktadlo při zánětu ústní dutiny, angíně nebo krvácení dásní.Za nejúčinnější formu aplikace je považována šalvějová tinktura, osvědčil se i šalvějový vinný nálev. Vzhledem k tomu, že protizánětlivé látky jsou špatně rozpustné ve vodě, bývá doporučován lihovodný roztok. Protože thujon obsažený v silici je poměrně dosti toxický, není šalvěj vhodná k dlouhodobému podávání. Relativně neškodný by měl šalvějový odvar, z něhož toxická silice záhy vyprchá.
